สถานบ่มเพาะวิสาหกิจ มหาวิทยาลัยนเรศวร เป็นหน่วยงานในสังกัดสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยนเรศวร โดยคณะผู้บริหารดังนี้

• ผู้อำนวยการ
• รองผู้อำนวยการฝ่ายแผนกลยุทธ์และรัฐกิจสัมพันธ์
• รองผู้อำนวยการฝ่ายบริหารและสนับสนุนวิสาหกิจ
• รองผู้อำนวยการฝ่ายส่งเสริมศิลปวัฒนธรรม
• รองผู้อำนวยการฝ่ายวิเทศสัมพันธ์

อนึ่งได้มีการแบ่งส่วนงานราชการออกเป็นส่วน ดังนี้

• ฝ่ายงานส่งเสริมผู้ประกอบการและให้คำปรึกษา
• ฝ่ายงานสร้างเครือข่ายความร่วมมือระหว่างมหาวิทยาลัย ภาคเอกชน และภาครัฐ
• ฝ่ายงานส่งเสริมการวิจัยและพัฒนานวัตกรรมให้คำปรึกษา
• ฝ่ายงานฝึกอบรมและสัมมนา
• ฝ่ายงานเลขานุการ
• ฝ่ายงานส่งเสริมการพัฒนางานวิจัยและนวัตกรรม
• ฝ่ายงานสนับสนุนกลุ่มยุทธศาสตร์จังหวัดภาคเหนือตอนล่าง